Si bién Linux no tiene problemas de virus, al momento de insertar un dispositivo de almacenamiento (pendrive) en este caso, Ubuntu, no los elimina automáticamente, hay que hacerlo a mano, mostraré las indicaciones de como hacerlo:
1) Una vez que tenemos nuestro dispositivo instalado, lo abrimos, en la siguiente imagen veremos el clásico Troyano (dll32.exe), el que no podemos eliminar, debido a que tiene permisos de Sólo Lectura, si observan la siguiente imagen, aparece un candado sobre el archivo:
2) Para cambiar los permisos y poder eliminar los archivos (virus), debemos hacer click derecho sobre uno o más archivos y seleccionar la opción Propiedades.
Al dar click, se abrirá una ventana donde seleccionaremos la pestañ Permisos.
Cambiamos el menú de Acceso de Sólo Lectura a Lectura y Escritura, y cerramos la ventana.
Ahora y sin más preambulos, podemos eliminar los archivos, así que seleccionamos ambos y damos click derecho para abrir un menú, en este punto seleccionamos la opcion Borrar o simplemente seleccionamos los archivos y presionamos la tecla Supr. Una vez eliminados, debemos vaciar la Papelera y una vez hecho esto, desmontamos el dispositivo (pendrive), de esta forma, quedarán eliminados los archivos maliciosos.